تمامی کارگاه‌ها و مجموعه سخنرانی‌های استاد محمد شجاعی، با توجه به موضوع اصلی هر کارگاه، در شش بخش زیر دسته‌بندی شده‌اند.

※دسته اول: مجموعه کارگاه‌های انسان‌شناسی

موضوع اصلی این مجموعه کارگاه‌ها، «خودشناسی» است و هر شناخت دیگری که زیرمجموعۀ شناخت خود، در مدیریت روابط فردی ـ خانوادگی و اجتماعی طبقه‌بندی می‌شود، در ذیل این مجموعه کارگاه‌ها قرار می‌گیرد.

این مجموعه کارگاه‌ها مباحثی نظری هستند، که از طریق ایجاد شناختِ درست، از «خود واقعی ما» و تمام آنچه در رابطه با این «خود واقعی» تعریف می‌شود، ما را به سمت انتخاب‌ها، ارتباط‌ها، افکار و رفتار درست سوق می‌دهند.

※ دسته دوم: مجموعه کارگاه‌های سبک زندگی انسانی

این مجموعه کارگاه‌ها، مباحثی کاربردی هستند که به صورت عملی، ما را در رفع ضعف‌ها و بیماری‌های نَفْس‌مان، کسب مهارت‌های انسانی، ایجاد رشد و قدرت‌های روحی، و بروز رفتارهای عقلانی، یاری می‌دهند.

※ دسته سوم: مجموعه کارگاه‌های مهارت‌های معنوی (من و خدا)

این مجموعه کارگاه‌ها، کمک می‌کنند ارتباطات ما با خداوند، از روابطی توهمی که سال‌ها بشر را در وهم ارتباط با خداوند، متوقف نگه داشته‌اند خارج شده، و به یک رابطۀ حقیقی که لازمۀ رشد و بلوغ انسانی است تبدیل گردد.

در این رابطه دیگر خداوند تنها مربی عاشقی است، که در آغوش امن و مهربان او می‌توان پرورش یافت و به تکامل رسید.

※ دسته چهارم: مجموعه کارگاه‌های مهارت‌های معنوی (من و اهل بیت -خانواده آسمانی ـ علیهم‌السلام)

هدف این مجموعه کارگاه‌ها، تقویت رابطۀ ما با اهل‌بیت (علیهم‌السلام) است. تا آنجا که باور کنیم آنان ریشه‌های حقیقی ما و خانواده‌های آسمانی ما هستند، و رابطۀ ما با آنان، از رابطه‌ای رسمی و مقدس به رابطه‌ای عاشقانه و ربوبی، به‌جهت رشد و بلوغ بخش انسانی‌مان تبدیل شود.

رابطه‌ای که قرار است در نهایت ما را به مقام آنان (انسان کامل) برساند.

※ دسته پنجم: کارگاه‌های توحیدی

این مجموعه کارگاه‌ها، در حقیقت مجموعه کارگاه‌های «هستی شناسی» اند.

آنجا که با واقعیت تمام اشیاء در عالم و باطن بسیاری از رموز خلقت آشنا می‌شویم و از دیدگاه‌ها و انتخاب‌های کودکانه رها می‌گردیم.

※ دسته ششم : کارگاه‌های تمدن‌سازی

در این مجموعه‌ کارگاه‌ها، به انسان‌شناسی به عنوان مبنا و محور اصلی تمدن نوین اسلامی پرداخته شده است. تمدن الهی تمدنی است که بر پایه هدف خداوند از خلقت که «بلوغ انسانی بشر و رسیدن او به مقام خلیفه‌اللهی است» پایه‌گذاری شده است.