محمد شجاعی در سال 1343 در خانواده‌ای مذهبی و دین‌مدار در شهر ری متولد شد و دوران تحصیلات ابتدایی تا متوسطه را در همان شهر به پایان رساند. ایشان پس از اتمام دورۀ تحصیلات متوسطه، به دلیل اشتیاق فراوان به علوم دینی، وارد حوزۀ علمیه شد و سال‌ها زیر نظر استاد برجستۀ حوزه، آیت‌الله مجتهدی تهرانی، تحصیل علم کرد.

ایشان همین‌طور به‌طور پیوسته از محضر علمای شاخصی چون علامه حسن‌زاده آملی، آیت‌الله جوادی آملی، آیت‌الله انصاری شیرازی، آیت‌الله ممدوحی که از شاگران مرحوم آیت‌الله بهجت بودند، حاج آقا امامی و مرحوم آقای دولابی کسب فیض نموده‌اند.

استاد محمد شجاعی، به موازات بهره‌گیری از محضر استادان برجستۀ معارف الهی، در دانشگاه نیز با گذراندنِ دورۀ کارشناسی در رشتۀ فلسفه و احراز کارشناسی ارشد در علوم قرآنی، پایه‌های استدلالیِ آموخته‌های خود را مستحکم نموده و به‌تدریج به شیوۀ بیان ویژۀ خود نزدیک و نزدیک‌تر شد.